Чарльз Фрэнсис Ксавье родился в семье ядерного исследователя Брайана Ксавье и его супруги Шэрон. После несчастного случая, который унес жизнь Брайана, Шэрон повторно вышла замуж. Ее избранником стал коллега старшего Ксавье – Курт Марко. Вскоре после этого, Каин, сын Марко от первого брака, переехал жить в особняк Ксавье, Вестчестер (Westchester). Будучи жестоким и злобным ребенком, Курт стал изводить своего сводного брата. Втайне от всех, Марко наказал сына, сильно избив его – молодой Чарльз почувствовал боль брата, как будто все это происходило с ним самим. Таким образом и проявились впервые его способности телепата. После смерти матери, пожар в их родовом поместье унес жизнь Курта. Сводные братья остались без родных.
К тому времени Чарльз уже окончил среднюю школу и лишился своих волос (это было частью его мутации). В возрасте 16 лет он поступил в Bard College, в Нью-Йорке, и в течение двух лет умудрился заслужить звание бакалавра в области биологии. Затем он был принят в престижную программу исследований при Оксфордском Университете в Англии, где получил ученую степень в области генетики и биофизики. Там же Чарльз познакомился и влюбился в молодую шотландку по имени Мойра Кинросс (Moira Kinross). Их страстные обсуждения вопросов генетической мутации уступили место романтике и вскоре влюбленные начали планировать будущий брак. Единственным препятствием был бывший бойфренд Мойры, Джо МакТаггерт (JoeMacTaggert) – ефрейтор в Королевской Морской пехоте, который к тому же был таким же задирой как и Каин. В глазах Джо, Чарльз годился только для чего-то интеллектуального, поэтому Ксавье решил проверить себя в экстремальных условиях и после завершения учебы в Оксфорде ушел на военную службу.
Чарльз быстро стал легендой в области поиска и спасения людей, благодаря своим телепатическим способностям. Поступив в ту же часть, что и его сводный брат, Чарльз стал свидетелем того, как Каин отступил под огнем в ходе миссии в Азии. Пытаясь убедить брата вернуться, Ксавье последовал за ним и присутствовал в тот момент, когда Каин обнаружил мистический Рубин Сyttorak (Ruby of Cyttorak) и превратился в сверхчеловека по имени Джаггернаут (Juggernaut). В тот же момент произошло обрушение и Чарльз бежал, ошибочно полагая, что его сводный брат погиб.
Чарльз был опустошен, когда позднее Мойра оборвала их отношения без каких-либо объяснений. Он ушел из армии и начал путешествовать по миру. В Каире, Египет, Ксавье столкнулся с Амаль Фаруком (Amahl Farouk) – мутантом, способным вызвать тьму в душах других людей. Это противостояние привело Чарльза к решению посвятить свою жизнь защите человечества от злых мутантов и, также, защите мутантом от угнетения обычными людьми.
Чарльз отправился в Израиль, где влюбился в Гэбриэль Хэллер, которая являлась израильским дипломатом. Кроме того, он подружился с человеком по имени Эрик Магнус Лэншер – мутантом, который впоследствии станет его злейшим врагом. Магнето (Magneto), мастер магнетизма. Чарльз оптимистично полагал, что люди и мутанты могут сосуществовать, однако Магнус предвидел иное будущее. Он предсказывал преследования мутантов со стороны людей, которые не могли смириться с существованием одаренных. Двум мутантам удалось помешать Барону Вон Стракеру (Baron Von Strucker), который хотел натравить террористическую группу Гидра (Hydra) на ничего не подозревающий мир. Магнус исчез с золотом Стракера, а Чарльз решил вернуться домой, не зная, что Хэллер ждет от него ребенка, Дэвида.
По пути в Соединенные Штаты, Чарльз столкнулся в Гималаях с инопланетным разведчиком по имени Люцифер (Lucifer). Чтобы предотвратить любые попытки людей сорвать запланированное вторжение на Землю, Люцифер обрушил на Ксавье массивный камень, тем самым лишив мутанта возможности ходить. В отчаянии Чарльз закричал, используя свои психические способности. Это позволило ему «дотронуться» до сознания молодой одаренной по имени Тесса (Tessa), которая действовала в качестве наемника на соседних горах Гиндукуш (Hindu Kush). Тесса пришла Ксавье на помощь и он был доставлен в безопасное место. Во время своего лечения в индийском госпитале, Чарльз встретился с Амелией Вогт (Амелия Voght) влюбился в нее, тем самым вернув себе желание жить.
Чарльз возобновил свою дипломную работу в Колумбийском Университете в Нью-Йорке, и, получив докторскую степень по антропологии, он провел несколько лет в Лондоне, получая опыт в области психиатрии. Там Чарльз возобновил свою дружбу с Мойрой, которая вышла замуж за Джо МакТаггерта и теперь была известным генетиком. Ксавье и Мойра начали обсуждать идею создания школы для мутантов.
Чарльз вернулся в Америку и снова занялся изучением мутации, работая вместе с Доктором Карлом Лукасом (Doctor Karl Lykos), который однажды станет существом по имени Саурон (Sauron). В это время, Профессор Джон Грей, приятель Чарльза еще с момента обучения в колледже, привез свою дочь Джин Грей, чтобы просить Ксавье о помощи. Джин была потрясена, когда телепатически пережила смерть своего друга. Чарльз помогал ей восстановиться, а в последующие годы учил использовать свои умственные способности. Затем Чарльз встретился с Фредом Дунканом (Fred Duncan), агентом ФБР, который расследовал причину растущего числа мутантов. Чарльз рассказал Дункану о своем плане найти молодых одаренных и предложить им поступление в школу для мутантов. В качестве основной базы использовался особняк Ксавье, в котором готовили ребят использовать их способности на благо человечества. Амелия оставалась с Чарльзом вплоть до того момента, когда в школе появился молодой мутант по имени Скотт Саммерс (Scott Summers). В конечном итоге она ушла, опасаясь, что это может перерасти в генетическую гонку вооружений между Чарльзом и Магнусом. В течение следующего месяца, Ксавье использовал Церебро (Cerebro), чтобы собрать вою первую группу студентов: Циклоп (Cyclops); Айсмен (Iceman); Ангел (Angel); Зверь (Beast); Джин, которая взяла имя Чудо-Девушка (Marvel Girl). Он назвал свою команду Люди Х (X-Men), потому что в каждом был дар, которым не обладали обычные люди. Чарльз также нанял на работу Тессу, но ее присутствие в особняке оставалось тайным, так как профессор хотел использовать ее таланты в качестве шпиона.
Вскоре после этого, Чарльз узнал о запланированном вторжении на Землю инопланетянином З’нокс (Z'nox). Он предположил, что если сможет связать умы большинства людей на Земле, сможет остановить захватчиков, однако прежде чем подвергнуть мозг такой нагрузке, Ксавье нужно было подготовиться. Подготовка представляла собой виртуальную изоляцию. Для этого Чарльз использовал талант Обменщика (Changeling), который принял облик профессора и заменял его на время отсутствия, чтобы студенты ни о чем не догадались. Единственной, кто знал о плане, была Джин Грей, которую Чарльз лично посвятил в свои замыслы. После смерти Обменщика во время одной из миссий с командой, Чарльз позволил Людям Х считать себя мертвым. Несколько месяцев спустя Чарльз рассказал своим студентам об обмане и отбил нападение захватчиков. Люди Х и команда героев под названием Фантастическая Четверка (Fantastic Four) затем отправились в космос и одолели пришельцев.
Годы спустя, когда его первые студенты были захвачены живым островом Кракоа (Krakoa), Чарльз набрал новую команду: Банши (Banshee); Колосс (Colossus); Попрыгун (Nightcrawler); Шторм (Storm); Санфайер (Sunfire) и Росомаха (Wolverine). В последствие Циклоп стал единственным студентом из первого набора, кто остался с Чарльзом и продолжим помогать ему с тренировками новобранцев. Вскоре Чарльз начал испытывать психический кошмар из чужого мира. Эти изображения были направлены Лиландрой (Lilandra), принцессой межгалактической Империи Ши’ар (Shi'ar Empire), которой нужна была помощь в борьбе с ее сумасшедшим братом Д’Кен (D'Ken). В ходе последовавшей борьбы, Чарльз и Лиландра влюбились друг в друга и некоторое время Ксавье жил на Шандилар (Chandilar) в качестве ее супруга.
Чарльз и Лиландра провели много времени на Земле до ее коронации и в течение того времени, когда Люди Х сражались с Магнето в Антарктике. После битвы большая часть команды попала в скрытые от человеческих глаз джунгли, которые находились посреди ледяной пустоши и назывались Дикая Земля (Savage Land). Феникс и Зверь вернулись в Вестчестер, считая, что их товарищи погибли. Убитый горем, Чарльз сопровождал Лиландру в Ши’ар, где проходила коронация. После того, как Ксавье узнал, что команда Х на самом деле жива, он вернулся на Землю.
Некоторое время спустя, Лиландра столкнулась с предательством со стороны своей сестры – Птицы Смерти (Deathbird) и расы Брад (Brood). Люди Х и космические пираты, известные под именем Старджаммерс (Starjammers) помогли одолеть их, но в Чарльза были помещены личинки тварей Брад, что в конечном итоге изменило его сознание и он стал неким подобием королевы выводка инопланетян. Чарльз впал в кому и когда очнулся узнал, что команда Х была захвачена пришельцами и теперь находится где-то в просторах космоса. Боясь, что его ученики мертвы и находясь под воздействием инопланетных личинок, которые находились в нем, Чарльз собрал новую команду одаренных, которую назвал Новые Мутанты (New Mutants). После возвращения Людей Х, королева вылупилась и превратила Чарльза в Брад. Хотя тело Ксавье и было уничтожено, ему все же удалось при помощи Людей Х удерживать ментальный контроль над Королевой пришельцев, выигрывая время для врача космических пиратов, который клонированием воссоздал тело профессора, в котором теперь уже не было инвалидности. Прошло некоторое время, прежде чем Чарльз снова научился ходить, так как психологически он уже привык к своей немощи и ему пришлось заново приучать свое сознание.
В конце концов, Чарльз стал принимать более активное участие в жизни Людей Х, сопровождая их в миссиях. В этой время Габриэль попросила Чарльза о том, чтобы он помог ее сыну Дэвиду – мощному псионическому мутанту, который страдал от психического расстройства личности. Чарльз узнал, что Дэвид был его сыном и помог выбраться из состояния аутизма.
Со временем, состояние клонированного тела Чарльза начало ухудшаться и профессора Х был вынужден покинуть Землю вместе с Лиландрой и космическими пиратами, которые могли излечить его. Ксавье покинул школу, казалось бы, в спокойный период ухода Магнета, и присоединился к Лиландре в борьбе за восстановление ее законных прав на престол Ши‘ар. После длительного пребывания в космосе, Чарльз вернулся на Землю и собрал свою команду Х: как старый, так и новый состав, чтобы противостоять своему врагу Фаруку, который называл себя Королем Теней (Shadow King). Во время последней битвы позвоночник Чарльза был поврежден, что снова приковало его к инвалидному креслу.
Так как большинство членов команды Х повзрослели, Чарльз переименовал свою школу в институт для получения высшего образования. Он также взял под свой контроль частный институт, Массачусетская Академия, и превратил ее в новую Школу для Одаренной Молодежи (School for Gifted Youngsters). Там зародилась новая группа молодых мутантов, Поколение Х (Generation X), которые научились использовать свои силы под руководством Банши (Banshee) и Эммы Фрост (Emma Frost), выполнявших роли директоров.
Следующее крупное сражение Чарльза началось тогда, кода Магнит создал смертоносные электромагнитные импульсы внутри атмосферы Земли. Чарльз и Люди Х приняли битву на орбитальной станции Магнита. Во время столкновения Лэншер атаковал Росомаху и силой магнитизма вырвал металл из тела мутанта (адамантий, которым был покрыт его скелет). Не видя никаких других возможностей, Чарльз использовал свои телепатические способности, чтобы закрыть сознание Магнита. Во ходе этого отчаянно поступка, злобная часть психики Магнита переместилась в сознание Чарльза. Вкупе с темной частью души профессора, накопленная энергия породила мощное псионическое существо, известное как Натиск (Onslaught).
Завязалось сражение, в котором величайшим героям Америки удалось победить Натиска. Чтобы гарантировать, что Ксавье больше никогда не сможет создать таких монстров, правительство Соединенных Штатов взяло его под стражу. Чарльз был готов платить за свою глупость, однако профессор был потрясен, когда чиновники передали его в полное распоряжение Бастиона (Bastion) – начальника тюрьмы для мутантов под кодовым названием Операция: Никакой терпимости (Operation: Zero Tolerance). После того, как тюрьма была закрыта, Люди Х отправились на поиски своего пропавшего без вести учителя. Когда они наконец нашли его, оказалось, что Чарльз стал лидером нового состава Братства Мутантов (Brotherhood of Mutants) и пытается одолеть оживший Церебро. В конце концов, Ксавье удалось одолеть Церебро, показав ему уникальную значимость каждого живого человека.
Чарльз снова вернулся в команду Х, но вскоре группа распалась, после того как шпионы расы Скрулл приняли облик некоторых членов Людей Х и рассорили их. После того, как Росомаха якобы погиб во время боя, стало ясно, что на самом деле это был Скрулл и теория Чарльза подтвердилась. Люди Х снова объединились, чтобы противостоять бессмертному мутанту по имени Апокалипсис (Apocalypse), который стремился к мировому господству, используя силу Двенадцати – легендарная группа мутантов, включающая Магнето и Ксавье. После поражения Апокалипсиса, Чарльз покинул Землю с Кадр К (Cadre K) – группой подростков мутантов Скрулл, которые пытались найти новый дом для себя.
Чарльз снова вернулся к Людям Х, чтобы возглавить их, но был схвачен Магнитом, который создал целую армию в островном государстве Дженоша (Genosha) для нападения на человечество. Люди Х спасли Ксавье, а Магнето был искалечен Росомахой. Вскоре после этого, население Дженоши было уничтожено огромным роботом – охотником на мутантов, Стражем (Sentinels), который был подослан злобной сестрой-близнецом Чарльза, Кассандрой Нова. Ксавье оказался бессилен против своей сестры и она заперла его в своем умирающем теле. Заняв место Чарльза, Нова публично рассказала о том, что он был мутантом, и покинула Землю вместе с Лиландрой, которую убедила создать Императорскую Гвардию (Imperial Guard) Ши’ар для уничтожения всех мутантов на Земле. После сражения с Людьми Х, в ходе которого открылся обман Новы, Джин Грей поглотила сознание Чарльза, чтобы использовать новый вариант Церебра (Cerebra) и вложить частичку в каждого мутанта Земли. Когда Нова попыталась использовать Церебра для того, чтобы уничтожить всех мутантов, она случайно восстановила сознание Чарльза и он прогнал сестру из своего тела. После поражения Новы, Иксорн (Xorn) - новый член команды Х, исцелил тело Ксавье.
Свободный от своей тайны, Чарльз принял роль всем известного мутанта и направил всю энергию на защиту одаренных. Он открыл школы для мутантов повсюду и Люди Х стал новым факультетом. Прошло не так много времени, прежде чем мир вокруг Чарльза рухнул после того, как стало известно, что Иксорн был замаскированным Магнитом. Он проник в ряды Людей Х, чтобы использовать студентов в качестве солдат в войне против человечества. Иксорн снова сделал Чарльза калекой и взял под контроль Нью-Йорк, переименовав в Новую Дженошу. Используя нейротоксичное лекарство известное как Кик (Kick), которое усиливало способности, Иксорн планировал остановить магнитные поля Земли для уничтожения человечества и вступления в новую эру мутантов. Студенты протестовали против этого, и своевременное прибытие Людей Х навсегда покончило с угрозой, когда Росомаха обезглавил его.
Разочарованный, Чарльз оставил институт на попечение Людей Х и уехал в Дженошу, чтобы, якобы, надлежащим образом похоронить Магнето. Росомаха сопровождал Чарльза и оба они убедились в том, что имеют различное мнение о Магните. Росомаха ушел на не очень хорошей ноте, оставив Чарльза оказать помощь в восстановлении разрушенной нации мутантов настоящему Лэншеру, который на самом деле был жив и здоров, и находился на острове. Вскоре, Ванда Максимофф (Wanda Maximoff) сошла с ума и убила нескольких Мстителей. Магнето попросил Ксавье заняться ее лечением и профессора попытался сделать это, но даже при помощи Доктора Странного (Doctor Strange) ему это не удалось. Пока Люди Х и Мстители встречались с Ксавье для обсуждения своих дальнейших действий, Ртуть (Quicksilver) убедил Ванду изменить реальность с помощью своих способностей. Ванда сделала это, изменив реальность в так называемый Дом М (House of M) – мир, где мутанты составляли большинство и Магнето управлял ими. В этой альтернативной реальности, Магнит и другие считали, что Ксавье погиб много лет назад, помогая Дженоше избавиться от фашистов. В конце концов, Ванда снова использовала свою магию, чтобы вернуть все, как было, однако произошло все это не совсем гладко: 98% населении мутантов утратили свои способности, поставив само существование одаренных под угрозу исчезновения.
Реальность восстановлена, однако Ксавье так и не найден. Даже попытки Людей Х найти своего лидера через Церебро не увенчались успехом. Многие уже готовились к худшему. Ксавье вернулся только тогда, когда мутант по имени Вулкан (Vulcan) напал на Людей Х. Как оказалось, Ванда восстановила ноги Чарльза, однако при этом он утратил свои сверхспособности. По пожеланию Вулкана, Ксавье показал, что направил команду молодых мутантов на верую гибель на Кракоа, когда его первые студенты Люди Х были схвачены в плен. После этого Циклоп сказал Ксавье, что он больше не приветствуется в особняке Вестчестер.
Ксавье проигнорировал приказ Циклопа и остался в особняке, якобы для оказания помощи Зверю в его исследовании Дарвина, стараясь не обращать внимание на напряженные отношения со Скоттом. Он пытался связаться с Империей Ши’ар, чтобы разузнать, не появлялся ли Вулкан, но ничего не вышло. Лучшим выходом стало создание машины, которая отправляла сообщения каждые 30 минут. Чтобы исправить свой давний просчет, Чарльз просил Хэвока (Havok), Полярис (Polaris), Тропу Войны (Warpath), Попрыгуна и Чудо-Девушку присоединиться к нему в поисках Галактики Ши'ар, чтобы остановить Вулкана. Несмотря на чувства Циклопа, Ксавье отправился в космос для противостояния Вулкану, прежде чем он успеет добраться до Империи Ши'ар. На пути в Ши'ар, Чарльз был похищен агентами вице-канцлера К'Тор (K'Tor).